Приложения должны просто работать.Тем не менее, вы должны провести тщательное тестирование каждого из них, прежде чем наносить их своим пользователям, просто чтобы убедиться.Ваши приложения могут непреднамеренно полагаться на поведение, характерное для Tomcat 5.
Кроме того, не нужно перекомпилировать в Java 6, чтобы заставить их работать.Однако вы должны проверить, что приложения do по-прежнему компилируются под Java 6. Опять же, они должны, но стоит проверить.
Кстати, почему Tomcat 6?Tomcat 7 является текущей стабильной версией Tomcat;если вы собираетесь мигрировать, вы должны перейти на это.