Вы можете передать секрет как переменную окружения.
В conf/application.conf
Просто замените
application.secret=abc123...
с
application.secret=${APP_SECRET}
и затем установите эту конфигурационную переменную в Heroku с помощью:
$ heroku config:add APP_SECRET=abc123...
Теперь вы можете управлять секретами отдельно для каждого приложения и избегать проверки их на контроль версий.