Если вы не удалите столбцы из таблицы с новой миграцией - данные будут в безопасности.Хорошей практикой является написание тестов, поэтому, когда возникают такие ситуации, когда вам нужно что-то изменить - вы можете проверить, что все по-прежнему работает.
Кстати, я не понимаю логику, которую вы пытаетесь реализовать.Форма загружала какой-то файл раньше, и вам нужно изменить это, удалить загрузку файла и изменить временную метку в записи?