Установите значение rootdrive для нужного вам диска
<CustomAction Id='SetRootDrive' Property='ROOTDRIVE' Value='[%SystemDrive]\'/>
Системный диск будет по умолчанию диском по умолчанию, используемым ОС
Добавлен код для вызова SetRootDriveдействие: Вам нужно вызвать его из InstallUISequence
<InstallUISequence>
<Show Dialog="MyWelcomeDlg" Before="CostFinalize">NOT Installed</Show>
<!-- App search is what does FindInstallLocation, and it is dependent on FindRelatedProducts -->
<AppSearch After="FindRelatedProducts"/>
<Custom Action="SetRootDrive" Before="CostInitialize"></Custom>
</InstallUISequence>