Вообще говоря, ДагВ прав.
Вы не можете объединить несколько приложений в одном IPA. Однако это не потому, что вы не можете поместить их в один IPA, а скорее потому, что iTunes и iOS распознают только одно приложение в таком IPA.
IPA - это просто zip-архив с каталогом Payload, который содержит приложение. Вы можете вручную создать IPA с несколькими приложениями в каталоге Payload, но iTunes будет «видеть» только сначала (я верю в алфавитном порядке) в этом IPA.