Была такая же проблема.Однако исключение происходит в Mwe2Runner, а не в Mwe2Launcher.Mwe2Runner попытался загрузить файл mwe2 как ресурс и выдает эту ошибку, если не может его найти, хотя Mwe2Launcher может.
В любом случае, решение состоит в том, чтобы зарегистрировать ваш src-dir как ресурс-dir с помощьюдобавив следующее в ваш pom.xml
<build>
...
<resources>
<resource>
<directory>src</directory>
<excludes>
<exclude>**/*.java</exclude>
</excludes>
</resource>
</resources>
...
</build>