В ASP.Net MVC2 вы должны ссылаться на файлы скриптов, как показано ниже:
<script type="text/javascript" src="<%= Url.Content("~/Resources/css/menu.js")%>"></script>
Вы также можете перетащить файлы сценариев на страницу Site.Master, и Visual Studio создаст для вас ссылку.
Кроме того, как вы можете видеть из других ответов, в ASP.Net MVC существует соглашение о размещении любых файлов .js в папке scripts.