Хорошо, мы нашли решение. Я напишу это здесь на случай, если у кого-то возникнет такая же проблема.
Файлы были неправильно отформатированы в OpenOffice.org, потому что PhpWord форматирует xml с пробелами и символами новой строки. Word удаляет эти строки и показывает документ, каким он должен быть, но OOo вставляет новую строку для каждой новой строки в документе xml-doc. Изменение строк 79 и 84 внутри Shared / XMLWriter.php добилось цели.
// Set default values
// proposed to be false in production version
$this->_xmlWriter->setIndent(true);
//$this->_xmlWriter->setIndent(false);
// Set indent
// proposed to be '' in production version
$this->_xmlWriter->setIndentString(' ');
//$this->_xmlWriter->setIndentString('');