Как мне изменить пароль хранилища ключей JKS (и всех записей в нем) из кода Java?
Я думаю, вы можете переписать хранилище ключей в тот же файл, но с другим паролем, используя этот метод
Возможно, wait4j - это ответ. http://code.google.com/p/expect4j/
Он переносит оригинальный ожидаемый пакет в java, и он хорошо взаимодействует с приглашениями и прочим