Я не знаю наверняка об Eclipse (кроме очевидного «убедитесь, что у вас последняя версия», то есть платформа Helios IIRC), но Tomcat6 все еще находится в разумной стадии разработки в качестве цели разработки, где я работаю. Большим изменением является то, что Spring теперь до версии 3, которая поддерживает гораздо более широкий диапазон конфигураций на основе аннотаций (честно говоря, большинство из них я не использую; я не против иметь конфигурации XML).