Вы пишете какой-то дурацкий CSS, что со всеми отрицательными полями? Я бы держался подальше от этого материала, не уверенный, почему на вашем #navi также была высота 120px (и, следовательно, все -margins).
Тем не менее, у IE нет причин размещать логотип за фоновым изображением тела! Это было странно наверняка.
В любом случае эти изменения вернут логотип в волшебный мир тела:
body {
background-color: #CCFFFF;
color: #000000;
font-family: Tahoma;
text-align: center;
background-image:url("images/bg.png");
background-position: top left;
background-repeat: repeat-x;
/* changed */
margin-top: 0;
}
#navi{
width: 100%;
background-color: transparent;
text-align: left;
/* changed */
margin-top: 3px;
height: 20px;
}
#logo{
height: 120px;
background-color: transparent;
margin-bottom: 70px;
/* changed */
margin-top: 5px;
}
Я уверен, что другие ваши элементы будут нуждаться в корректировке, поскольку логотип и навигация больше не имеют больших отрицательных полей.