В основном рекомендуется использовать имя пакета. Это потому, что имя пакета также уникально, и это единственное, что в основном имеет значение.
Даже если нет, два приложения, использующие один и тот же идентификатор, будут работать только в том случае, если они были сертифицированы одним и тем же сертификатом. В противном случае они будут работать совершенно отдельно. Это часть модели безопасности Android.