Используете ли вы плагин Gwt4nb ? Это позволяет вам делать режим разработки, когда вы отлаживаете свой проект. Затем, когда вы измените свой код GWT, просто обновите окно браузера, и вы увидите изменения.
Я использую NetBeans уже почти 3 года с GWT, и у меня никогда не было проблем с этим плагином, мне никогда не нужно было заходить в Eclipse.