Полагаю, вы настроили внешний сервер с параметром «Использовать выбранный сервер» в «Запуск конфигурации».По-видимому, нет способа заставить внешние серверы работать в Aptana Studio 3 таким образом (я на Ubuntu 11.04 использую Apache и у меня была такая же проблема).
Вместо этого определите свой внешний сервер в «Использовать базовый URL»,не забудьте отметить «Добавить имя проекта».