У меня была эта проблема. То, как мы решили это, было также зафиксировано в файле projectName.xcodeproj. По сути, весь каталог верхнего уровня, который содержал файлы ресурсов и файлы проекта, был зафиксирован. Мы используем систему подрывной деятельности в органайзере. Я не уверен, делаете ли вы файл проекта или нет; но если это не так, я предлагаю вам совершить это тоже.
С тех пор, как мы начали это делать, у нас прекратились конфликты из-за файла проекта.
Есть еще одна вещь (и это если вы фиксируете файл .xcodeproj); когда вы фиксируете, под пакетом .xcodeproj стоит не отмеченный флажок. Убедитесь, что вы проверите это. Таким образом, изменения в структуре проекта будут переданы всем остальным разработчикам. :)
Надеюсь, это поможет.