Любой тип значения, например, boolean, int ..., не будет передан по ссылке. Но если ваш массив заполнен объектами, он будет передан по ссылке. В вашем примере вам нужна последняя строка. Но, как я уже сказал, если бы $ item был объектом, вам не понадобилась бы последняя строка. Можно передать тип значения по ссылке с помощью оператора ссылки.
Узнайте, как использовать оператор ссылки
ЗДЕСЬ