Решением было сделать это в index.php:
Doo::loadCore('db/DooSqlMagic');
$db = new DooSqlMagic;
$db->setDb($dbconfig, 'db'.$config['APP_MODE']);
$db->connect();
$db2 = new DooSqlMagic;
$db2->setDb($dbconfig, 'db2'.$config['APP_MODE']);
$db2->connect();
Это в db.conf.php:
$dbconfig['dbdev'] = array('localhost', 'db', 'root', '', 'mysql', true, 'collate'=>'utf8_unicode_ci', 'charset'=>'utf8');
$dbconfig['dbprod'] = array('localhost', 'db', 'root', '', 'mysql', true, 'collate'=>'utf8_unicode_ci', 'charset'=>'utf8');
$dbconfig['db2dev'] = array('localhost', 'db2', 'root', '', 'mysql', true, 'collate'=>'utf8_unicode_ci', 'charset'=>'utf8');
$dbconfig['db2prod'] = array('localhost', 'db2', 'root', '', 'mysql', true, 'collate'=>'utf8_unicode_ci', 'charset'=>'utf8');
И использовать это так в контроллере:
global $db;
global $db2;
$db->query('.......');
$db2->query('......');