Есть функция, которую вы можете вызывать из вашей программы для вывода данных профиля (та же, которая автоматически устанавливается как обработчик atexit, когда вы связываете с -pg), но я не знаю, как она называется произвольно.
Легче всего сделать это, просто вставив вызов exit(0); в подходящую точку вашей программы. Кроме того, вы можете установить точку останова и использовать call exit(0) в GDB (за исключением того, что отладка программы повлияет на данные профиля, если вы остановите ее в середине).