Да, возможно. Hibernate довольно сильно оптимизирован различными хитрыми способами, но он все равно будет медленнее, чем низкоуровневый доступ к данным с точно правильно подготовленным оператором, при условии, что кеш вам не поможет.
Но это не тот вопрос, который вам нужно задавать в любом случае.
Вам нужно спросить, значительно ли это влияет на производительность - и в этот момент, я подозреваю, вы найдете ответ "нет". С точки зрения Hibernate, доступ к основной базе данных, вероятно, будет на лот медленнее, чем издержки из-за Hibernate. С точки зрения Spring, создание бина часто происходит только в самом начале программы, один раз.
Как всегда, если у вас есть проблемы, оцените и профилируйте реалистичный сценарий.