Похоже, ваша рабочая копия перепутана. Попробуйте удалить его и перепроверить. Вы можете проверить, куда извлекается каждый каталог в хранилище, посмотрев свойства (в вашем WC), которые должны отображать вам URL хранилища.
Если это не так, у вас на локальном диске установлено соединение, которое связывает 2 каталога вместе?