Попробуйте добавить это в ваш файл инициализации emacs:
(add-to-list 'ispell-skip-region-alist '("^<<.*>>=" . "^@"))
Edit (Re Michael Hoffman's comments):
Если Flyspell включен, эти два дополнительных выражения также понадобятся:
(defun flyspell-eligible ()
(let ((p (point)))
(save-excursion
(cond ((re-search-backward (ispell-begin-skip-region-regexp) nil t)
(ispell-skip-region (match-string-no-properties 0))
(< (point) p))
(t)))))
(put 'latex-mode 'flyspell-mode-predicate 'flyspell-eligible)
Для других режимов замените latex-mode
в последнем выражении соответствующими названиями основных режимов.