Если у вас есть ссылка на пользовательский элемент, вы можете сделать
for (Node child; (child = myCustomElement.getFirstChild()) != null;) {
myCustomElement.removeChild(child);
}
Если вам нужно получить ссылку на пользовательский элемент, вы можете сделать что-то вроде
Element myCustomElement = myDocument.getElementsByTagNameNS(namespaceForAbc, "myTag");
или, если вы не используете пространства имен XML, вы можете сделать
Element myCustomElement = myDocument.getElementsByTagName("abc:myTag");