MSI удаляет только файлы, скопированные во время начальной установки.Журналы, созданные приложением, не распознаются процессом удаления.Другими словами, если хотя бы один файл существует в каталоге, который нужно удалить, MSI будет обрабатывать его как пользовательский файл и пропускать родительский каталог для удаления.
Чтобы удалить каталог журнала, необходимо принудительно удалить егосначала содержимого, но я бы посоветовал против этого, поскольку вы можете столкнуться с проблемами блокировки, с которыми вы не хотите иметь дело.