Создание первичного ключа для точек и ссылка на этот столбец из таблицы полигонов (ссылка на внешний ключ).Когда вы запрашиваете полигоны, вы объединяете две таблицы.
EDIT
Предыдущее решение неверно, это правильно, если вы ссылаетесь на идентификатор полигона из таблицы точек, например:
Points (id, coordx, coordy, polygon_id, ...)
Polygons (id, ...)