Имена, которые вы выбираете для своих различных подкаталогов, действительно являются вопросом выбора. Не забудьте выбрать имена, которые будут работать для других, хотя. Даже если ваш проект небольшой и личный, привычки, которые вы формируете, будут перенесены в проекты, которыми вы поделитесь с командами разработчиков в будущем.
Я бы порекомендовал вам выбрать / WEB-INF / фрагменты вместо / фрагментов, поскольку файлы в / фрагментах могут быть переданы непосредственно в браузер ... что может не иметь смысла, если файл содержит разметку, зависящую от контекста.
Файлы, которые находятся в / WEB-INF, доступны для вашего кода Java, но не доступны напрямую из браузера. Ваш код может читать файлы и использовать их ... но пользователь не сможет получить к ним доступ, набрав 'http://foo.com/WEB-INF/fragments/header.jspf.