Моя рекомендация: не используйте сервер db4o без доступных постоянных классов. Это приводит к бесчисленным проблемам.
В любом случае, вы должны иметь возможность просто указать полное имя класса в виде строки, и оно должно работать.
config.objectClass("your.package.YourClass").objectField("id").indexed(true);
config.add(new UniqueFieldValueConstraint("your.package.YourClass", "id"));