Javamail - это библиотека Java, как и любая другая.
Независимо от того, что вы делаете - отправляете исходящее SMTP-сообщение, получаете почту POP3 или что-то еще, просто упакуйте его вместе с вашим веб-приложением и используйте его.
Вам, конечно, понадобится сервер ретрансляции SMTP, но это совершенно не по теме.