Я предполагаю, что сервер является 64-битным сервером, да? Если это так, агент будет работать с SSIS в 64-битном режиме, что приводит к несовместимости с исполняемыми файлами.
В задании агента на вкладке Параметры выполнения выберите «Использовать 32-разрядную среду выполнения», и все должно быть в порядке.
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/NjNPX.png)
Вопрос помечен как 2008, но, если я правильно помню, в задачах агента SQL 2005 типа пакета служб интеграции SQL Server не было возможности работать в 32-разрядном режиме, и по умолчанию все выполнялось в 64-разрядном режиме. Чтобы обойти это, нужно было запустить команду ОС и вызвать 32-битный dtexec.exe, который, скорее всего, был найден в C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe