Есть несколько способов справиться с этим, и команда Magento нейтральна в «правильном» способе выполнения вещей, , но самый простой способ «заменить» шаблон - это скопировать базовый шаблон в то же место в папке шаблонов вашей темы.
app/design/frontend/base/default/template/paypal/partner/logo.phtml
app/design/frontend/default/mytemplate/template/paypal/partner/logo.phtml