Процедура CLR написана на языке .NET, и сборка должна быть интегрирована с SQL Server.Хранимая процедура написана на T-SQL.
Если вам не нужно делать что-то «секретное» или что-то, что требует поддержки со стороны ОС (например, для связи по протоколу TCP), я всегда буду говорить о «нормальном»«Хранимая процедура, так как ее можно поддерживать гораздо проще, чем процедура CLR.