Мне кажется, что некоторые из этих ответов могут упускать очевидное.
Какова эффективность используемого вами алгоритма? Линейный? Logorithmic? Экспоненциальный? Мне кажется, что если JAVASCRIPT замедляется по мере увеличения размера документа, то проблема заключается в эффективности ВАШЕГО кода, а не в MS. IE javascript работает медленно, но почему вы так уверены, что это проблема именно с этим браузером? У других движков javascript с этим все в порядке?
Не зная ничего о том, что вы делаете или как вы это делаете, один из способов - обменять использование памяти на скорость - кэшировать предыдущие результаты и другие стратегии оптимизации, которые вы можете найти, если Вы читаете эту книгу или тот веб-сайт о программировании.
Еще одна вещь, которую нужно иметь в виду, это то, что взаимодействие с домом очень медленное. Если вы сможете реорганизовать свой код для достижения того же самого, но с меньшим количеством манипуляций в домене, это улучшит производительность