Попробуйте передать три списка как кортеж:
A = numpy.array((X, Y, Z), dtype=float)
В документации numpy.array
подпись для numpy.array
равна
numpy.array (object, dtype = None, copy = True, order = None, subok = False, ndmin = 0, maskna = None, ownmaskna = False)
т. е. единственный аргумент object
равенчто превращается в ndarray, каждый другой аргумент должен быть ключевым аргументом (отсюда и полученное вами сообщение об ошибке), который можно использовать для настройки создания массива.
Редактировать В ответ на комментарий Surfcast23 в IDE я попробовал следующее:
>>> import numpy
>>> x = [0, 0, 0, 0]
>>> y = [3, 4, 4, 3]
>>> z = [3, 4, 3, 4]
>>> A = numpy.array((x, y, z), dtype=float)
>>> A
array([[ 0., 0., 0., 0.],
[ 3., 4., 4., 3.],
[ 3., 4., 3., 4.]])
>>> A.shape
(3L, 4L)