Я сомневаюсь, есть ли какой-нибудь простой автоматизированный способ сделать это. И Vimwiki, и notes.vim являются плагинами "filetype". Обычно в Vim для любого файла (или буфера) может быть задан только один тип файла.
Это будет зависеть от того, как были написаны ftplugins, но может быть возможно применить их оба к одному и тому же буферу, убедившись, что буфер установлен на оба типа файлов последовательно. Таким образом, буфер может быть установлен на один тип файла за раз, но установка его на оба типа один за другим может сделать часть того, что вам нужно.
Например, открытие файла notes.vim автоматически установит в буфере тип файла notes.vim. После открытия вы можете выполнить команду :setlocal filetype=vimwiki
, чтобы изменить ее в буфер vimwiki. Если при инициализации типа файла vimwiki не удаляются важные настройки notes.vim или возникают конфликтующие операции, вы можете получить доступ к некоторым функциям из обоих ftplugins. Маловероятно, что вы окажетесь слишком далеко, но, возможно, стоит попробовать. Лучше было бы объединить разделы их кода в один ftplugin.