Поскольку добавление папки создает пространство имен с ней.то есть.MyProject.Category затем будет ссылаться на класс linq to sql, а также на пространство имен вашей новой папки.
Вероятно, нехорошо иметь класс и пространство имен, называемые одним и тем же (особенно если они оба находятся вто же родительское пространство имен)