Скорее всего, это связано с тем, что Eclipse использует один из CR / LF для разрывов строк, и, если я правильно помню, блокнот не читает одно из них правильно. (Я не могу вспомнить, что именно этот блокнот не читает)
Я бы предложил использовать Блокнот ++ вместо блокнота.
Вы также можете попробовать поиграть с настройкой новой строки в Eclipse.