Это может быть потому, что у вас есть пробелы на ваших путях.Попробуйте использовать двойные кавычки:
<Target Name="AfterBuild">
<Exec Command="xcopy.exe /Y /S "$(ProjectDir)Templates\*.tt" "$(dev_folder)MyWebsites\DotNetNuke%20Community%20Edition\DesktopModules\SharpMod\Templates\""/>
</Target>