Возможно, это не самое простое решение, но неплохо бы иметь установщик для вашего приложения, который позаботится об установке MySQL.IzPack - очень разумный инструмент установки, который может запускать внешние приложения (например, установщик MySQL) как часть процесса установки. Это обсуждение может представлять определенный интерес.
Однако, как упоминалось в других ответах, использование встроенной СУБД, такой как H2, SQLite и т. Д., Является лучшим выбором, чем MySQL, дляотдельное приложение.