Я бы не помещал это в сам контроллер, а в com.sun.jersey.spi.container.ContainerRequestFilter вокруг классов ресурсов, которые вы хотите защитить, но должен дать вам основную идею.
@Context
private HttpServletRequest request;
@GET
@Produce(MediaType.APPLICATION_JSON)
public String findItems(){
String auth = request.getHeader("authorization");
if (auth != null) {
String basic_prefix = "Basic ";
if (auth.startsWith(basic_prefix)) {
String auth_data = new String(Base64.decode(auth.substring(basic_prefix.length())));
String [] user_and_key = auth_data.split(":", 2);
// user and password available here
} else {
// reject access
}
} else {
// reject access
}
}