Используйте JAXP:
response.setHeader("Content-Type", "application/xml");
OutputStream out = response.getOutputStream();
TransformerFactory.newInstance().newTransformer().transform(new DOMSource(dom), new StreamResult(out));
Возможно, вы захотите использовать JAX RS вместо этого (никогда не использовали):
@Path("/foo.xml")
public class MyResource {
@GET @Produces(MediaType.APPLICATION_XML)
public Source asXml() {
// TODO, get your DOM somehow
return new DOMSource(dom);
}
}