Однажды у меня была похожая ситуация.Я обнаружил, что стало больше проблем, чем стоило настраивать пути вывода и тому подобное в Visual Studio, в той степени, в которой я этого хотел.
В итоге я позволил Visual Studio делать что-то свое в отношении структуры файла / проекта.и написал сценарий после сборки, чтобы скопировать все необходимое в окончательный каталог 'publish-ready'.
Затем я установил цель выполнения в Visual Studio на новое место, чтобы можно было запустить /отладка как обычно, но с новой папкой, которая была организована так, как мне было нужно.Осторожно, я думаю, что это пользователь настройки проекта;поэтому другие разработчики должны будут делать это и на своих машинах, если они того пожелают.
Я помню, как менялись некоторые пути вывода и тому подобное, чтобы сделать скрипт после сборки более простым.Но изменение таких вещей может привести к раздражению при добавлении новых проектов в решение;вам может понадобиться настроить их для соответствия.Это все компромисс:)