Просто запуск скомпилированной программы через Eclipse должен быть таким же, как запуск через командную строку, если вы убедитесь, что параметры JVM совпадают. Eclipse по умолчанию вызывает JVM, которая использовалась для запуска самого Eclipse, хотя JVM и любые параметры командной строки можно настроить с помощью диалогового окна Run Configurations .
Одно, возможно, существенное отличие заключается в том, что использование командной строки означает, что вы можете запускать свое приложение без влияния наличия Eclipse, который может быть довольно интенсивно загружающим ЦП и в некоторой степени загружать память, работая одновременно. , Хотя запуск через Eclipse не влияет непосредственно на выполнение программы, он все равно может иметь эффект только благодаря присутствию на том же компьютере.
Тем не менее, - это разница, если под "прогон через командную строку" вы также подразумеваете процесс компиляции. Eclipse использует ECJ, свой собственный инкрементный компилятор Java, а не реализацию javac, поставляемую в комплекте с JDK. У ECJ есть некоторые дополнительные расширения, но он не всегда полностью совместим с текущим JDK - я иногда обнаруживал различия в создаваемом байт-коде, в том числе несколько ошибок, которых не было в компиляторе JDK.