Под "онлайн-чтением" я предполагаю, что вы имеете в виду без плагина для чтения PDF на клиенте. В этом случае вам нужно конвертировать в HTML
http://pdftohtml.sourceforge.net/
Если вы не против потерять возможность копировать текст, то преобразование в PNG может дать вам более точную визуализацию
http://www.imagemagick.org/
Независимо от формата вывода вы можете управлять поиском, используя оригинальные данные PDF. Одной из технологий для этого является многопоисковый
http://www.mnogosearch.org/
Monogosearch использует pdftotext внутри, это может оказаться полезным, если вы хотите написать свои собственные процедуры поиска. pdftotext является частью пакета утилит Xpdf
http://www.foolabs.com/xpdf/about.html
Все перечисленные выше инструменты доступны в Windows или Linux