Чтобы использовать плагин в Eclipse SonarQube, у вас должен быть установлен экземпляр (сервер) sonarQube, документацию о том, как это сделать, можно найти по следующей ссылке http://docs.sonarqube.org/display/SONAR/Setup+and+Upgrade.
После того, как вы выполнили первоначальный анализ вашего кода, как сказал maven Томас или сонар-бегун, (http://docs.sonarqube.org/display/SONAR/Analyzing+Source+Code) вы можете с помощью плагина sonarqube для Eclipse установить ссылку на сервер в общих настройках Окно Eclipse -> Настройки -> SonarQube -> Серверы и уровень проекта должны "связать" или ссылаться на первый анализ, расположенный на вашем сервере.
После того, как вы это сделаете, каждый раз, когда вы будете анализировать ваш код с помощью SonarQube из Eclipse, он будет подключаться к серверу, будут предоставляться имеющиеся доказательства и будут выполняться пошаговый анализ вашего кода в отношении информации, собранной на дистанционный анализ.