ИМХО, это одна из ужасных вещей в MySQL: она заставляет вас выбирать между скоростью и полнотекстовыми индексами (MyISAM) и ссылочной целостностью и транзакциями (InnoDB).Если вы можете, я настоятельно рекомендую перейти на PostgreSQL: помимо ряда других преимуществ, вы получаете скорость, полнотекстовые индексы, транзакции и ссылочную целостность в одном механизме хранения.(Я больше не использую MySQL для новых проектов.)
Если вам нужно придерживаться MySQL, я рекомендую использовать InnoDB для всех таблиц, если у вас нет особых причин не делать этого.