Я предполагаю, что libsvm хранит векторы поддержки, тогда как opencv просто использует вектор весов для хранения гиперплоскости (одного вектора + одного скаляра достаточно для описания плоскости) - вы можете получить это из функции принятия решения, используя векторы поддержки, поменяв местами сумму искалярное произведение.