Icon.bitmaps является массивом BitmapData, с одним экземпляром BitmapData для каждого размера. Вы должны переназначить весь массив:
NativeApplication.nativeApplication.icon.bitmaps = new Array(bitmapData);
В качестве альтернативы, как упоминается в liveocs, вы можете указать все размеры растрового изображения:
NativeApplication.nativeApplication.icon.bitmaps =
new Array(icon16x16.bitmapData, icon128x128.bitmapData);