Вы не можете переопределить поведение глобально, но вы можете переопределить его для каждого сгенерированного внешнего ключа.
Предположим, что у вас есть объект A с FK до B. Вы можете использовать это беглое отображение для управления именованием FK в базе данных:
modelBuilder.Entity<A>()
.HasRequired(a => a.B)
.WithMany(b => b.As)
.Map(m => m.MapKey("YourKeyName"));
В этом примере ожидается, что A с требуемым свойством навигации будетB (FK не обнуляется) и B со свойством навигации по коллекции As, содержащим все связанные экземпляры A.