тл; др: удалить.
MongoDB сохраняет данные в двойном связанном списке, поэтому для удаления результатов корректируются две ссылки: следующая ссылка предыдущего документа и предыдущая ссылка следующего документа. Автокомпактирования нет. Обновление, если у вас уже есть сохраненное значение, происходит на месте, меняя одно значение. Теперь ... вы думаете, отлично, обновите один int вместо двух указателей, конечно, быстрее! Не так - теперь вам нужно индексировать этот флаг, и создание индексов происходит «медленно».