Вы могли бы сказать, что «исполняемый JAR» (у которого в манифесте объявлен основной класс) является Java-эквивалентом EXE-файла, тогда как другие JAR-файлы больше похожи на DLL.
Сходство, вероятно, ближе, чем вы думаете, так как AFAIK, в Windows разница также невелика, форматы файлов в основном одинаковы, и вы можете выполнять код из DLL через командную строку.