Вы хотите, чтобы страница всегда была достаточно высокой, чтобы поместиться на боковой панели, или вы хотите обрезать боковую панель, чтобы она всегда подходила?
Для первого, просто сделайте элемент, который является частью потока документов (например, возможно, # sidebar-right в вашем примере) больше, чем скроллер;
if ($("#sidebar-right").height() < $("#scroller").height())
$("#sidebar-right").height($("#scroller").height());
Если это последнее, отрежьте боковую панель и скройте все переполнения;
if ($("#scroller").height() > ($("#footer").offset().top - $("#sidebar-right").offset().top)) {
$("#scroller").css("overflow", "hidden");
$("#scroller").height($("#footer").offset().top - $("#sidebar-right").offset().top));
}